南浔于南宋淳祜末年建镇后始置监镇衙。职官为知丞。衙址现已无考。知丞执掌茶盐酒醋税、场务征输及冶铸之事。咸淳六年(1270)改由承务郎监南浔镇事，掌酒醋税务兼收税课。官署及编制情况均不详。

　　元朝开始设置湖州路乌程县后潘村巡检司，司署在现马腰镇后潘村，南浔镇在其管辖之下。巡检司负责地方防务，职官为巡检。因巡检司署曾移置南浔镇，故曾设南浔镇巡检。巡检司设巡检一名。

　　明洪武十四年(1381)，复设湖州府后潘巡检司，后巡检司移置南浔镇，仍称后潘村巡检司。职官为后潘司巡检。

　　清乾隆四年(1739)改为湖州府乌程县南浔巡检司，部颁印信，并在南栅笺字一圩(司前港毓秀桥北堍)建司署。巡检曹进始建。嘉庆廿二年(1817)巡检张凤来重修。道光十三年(1833)巡检胡次耕复修。其时南浔巡检司所管辖的范围，为南浔镇及十七区至廿三区地方，东接江苏震泽，西至郡城湖州，南达含山、乌镇，北临太湖。巡检司署除巡检外，并设书识，皂隶等。

　　乾隆八年，考虑到南浔处在江浙两省交界之处，北临太湖，具有独特的地理位置，由浙江巡抚常安奏准，将原设湖州城的盐漕水利湖捕通判署移驻南浔。乾隆十一年，将东栅中市(现官房弄)潘尚智藉没的官房改建成通判衙署。职官为湖州府盐漕水利湖捕通判(按：根据清朝官制，设于各府的通判，为分掌一个地方专项事务的行政官员。湖捕通判执掌盐务，漕运等事务，其职能相近于现代缉私机关。据《巡抚常安请通判移驻南浔疏》，湖府通判署移驻南浔后，除通判衙门事务，循旧管理外，其太湖水面，按照两省地方与江南太湖同知分界管辖)，配置的下属人员有书识、门子、快手、盐捕、皂隶、军健、巡缉民壮、轿伞扇夫及巡船水手等。

　　咸丰十年(1860)6月，太平军进驻南浔时，通判衙署毁于大火。同治三年(1864)4月恢复通判署，一连数任皆租民房作为办公的地方。到光绪元年(1875)6月，才开始兴建新衙署，次年正月竣工。

　　威丰十一年12月太平军驻守南浔，次年(同治元年)初设乡官局于北小圩俞宅，二月中移至土城内。乡官执掌地方行政、公益及纳税助饷支前等事。乡官局下设军帅、师帅、旅帅和伯长等属官，其中以军帅职位最高，依次而下。伯长为管理户口的基层组织官员。军帅局和均安局都设在南栅。均安局负责地方秩序和保卫工作。丝捐局设在南栅蒋家桥下，并在四栅另设分卡收取厘捐，故又称厘捐局。

　　同治三年(1864)3月，太平天国驻浔部队撤走，南浔镇随即恢复湖州府通判署和乌程县南浔司巡检署。

　　历朝以来，除上述通判署、巡检司署等镇以上一级官府外，另外还在不同时期、按不同职能设置一些政府分支机构，负责治安、税收、贸易等专项事务。光绪年间，因所谓“枭匪猖獗”，而设置了专门督办“清乡”事宜的“清乡局”，镇压农民起义军。光绪十二年(1886)，为加强社会教化而设置“洗心迁善局”、“游民感化所”等。光绪三十二年(1906)在风梧堂设禁烟局、戒烟局，以禁烟毒。自建镇以来，还一直配置有常设的税务机关。宋、元时称为税务，有时由镇官兼管，有时另设专管官员。明洪武二年(1369)，南浔镇的税务机关称为南浔驿馆。洪武十八年(1385)称税课局，以后时设时撤。同治四年(1865)设厘捐局，负责征收厘捐，以蚕丝出境税(丝捐)为主。此外，光绪十年(1884)还设置了洋药局，负责查验洋土印花。